Палеонтологический институт им. А.А. Борисяка РАН является единственным специализированным научным учреждением в России, занимающимся изучением морфологии, систематики и филогении ископаемых организмов; закономерностей эволюционных процессов, формирования и развития экосистем и биосферы в целом.

В его стенах трудится свыше 100 научных сотрудников. Структура научных подразделений построена по систематическому признаку, т.е. каждое подразделение объединяет специалистов по какой-либо крупной группе организмов (тип, класс и т.д.). Однако это не мешает кооперации ученых из разных подразделений для выполнения работ, выходящих за рамки тематики одной лаборатории. Уровень фундаментальных исследований сотрудников Института не только соответствует мировому, но в ряде случаев превосходит его.

В Институте были основаны новые самостоятельные направления науки (палеоэкология, тафономия, палеонтология докембрия, становление скелетных организмов, бактериальная палеонтология).

Силами сотрудников Института создан и успешно функционирует Палеонтологический музей, один из трех наиболее крупных и известных палеонтологических музеев мира.

• Совет по защите докторских и кандидатских диссертаций.
• Научный совет РАН по проблемам палеобиологии и эволюции органического мира.
• Российская часть Совместной российско-монгольской палеонтологической экспедиции.
• Палеонтологический журнал.
• Научно-образовательный центр палеонтологии и биостратиграфии.
  
• Филиал кафедры палеонтологии МГУ.
• Палеонтологческий кружок для школьников.
  
• Межинститутская лаборатория бактериальной палеонтологии земных и внеземных объектов.